Das Masterstudium Geomatik erstreckt sich über einen Zeitraum von drei Semestern. In den ersten beiden Semestern finden die fachwissenschaftlichen und allgemeinbildenden Module statt. Das dritte Semester ist dem Anfertigen der Masterarbeit vorbehalten.
Das Studium kann sowohl im Sommersemester als auch im Wintersemester begonnen werden. 
In den ersten beiden Semestern müssen 10 Module erfolgreich absolviert werden, um zur Masterthesis zugelassen zu werden. Jedes Modul hat 6 ECTS (European Credit Transfer System). Einige Module sind Pflichtmodule, andere sind Wahlpflichtmodule und können je nach Spezialisierungsrichtung gewählt werden.

Studierende müssen mindestens ein Modul der Gruppe 'Generale' belegen. Häufig wird hier der Kurs 'Management in Unternehmen und Behörden' gewählt. Außerdem muss mindestens ein Modul aus der Gruppe Mathematik belegt werden.

Studierende müssen im zweiten Semester das Modul 'Application Project' belegen. Hier befassen sich Studierende ein Semester vertieft mit einem fortgeschrittenen wissenschaftlichen Thema ihrer Wahl und präsentieren dies der fachlichen Community, als würden sie an einer wissenschaftlichen Konferenz teilnehmen.

Vier fachlich vertiefende Module sind aus der Gruppe der gewählten Spezialisierung zu wählen. Die verbleibenden drei Module können aus dem Modulkatalog für Mastermodule des Studiengangs Geomatik frei gewählt werden.
Die Masterarbeit bildet Höhepunkt und 'Schlussstein' des Studiums. Über einen Zeitraum von fünf Monaten ist ein Thema auf Masterniveau selbständig zu bearbeiten. Die Themenwahl erfolgt in Absprache mit dem betreuenden Professor/ der betreuenden Professorin.