In Verbindung mit dem neuen Naturschutzgesetz von 1954 wurde auch die Organisation des Naturschutzes geregelt. Im Wesentlichen erfolgte eine Übernahme des Organisationsmodells aus dem Reichsnaturschutzgesetz. Der Naturschutz wurde dem Ministerium für Land und Forst (später Land-, Forst- und Nahrungsgüterwirtschaft) und den diesem Ministerium in den Bezirken und Kreisen nachgeordneten Behörden zugeordnet. Es wurden dort erste hauptamtliche Stellen eingerichtet – in der Regel handelte es sich um eine Personalstelle –, wobei der Naturschutz nur einer unter mehreren Aufgabenbereichen des zuständigen Mitarbeiters war. Naturschutz war zudem stets von untergeordneter Bedeutung, etwa im Vergleich mit dem Bereich Jagd. Die personelle Ausstattung der Naturschutzverwaltung war unzureichend und darüber wurde vielerorts Klage geführt.

Die angespannte Personalsituation blieb ein Merkmal des hauptamtlichen Naturschutzes – und dies bei wachsenden Anforderungen, die Entwicklungen wie die Intensivierung der Landnutzung mit sich brachte. Erst ab 1964 erhielt jeder Bezirk durch organisatorische Veränderungen in der Forstwirtschaft einen hauptamtlichen Naturschutzreferenten, der allerdings nach wie vor zugleich für das Jagdwesen zuständig war. In manchen Bezirken wie in Frankfurt (Oder) und in Ost-Berlin bestanden zu diesem Zeitpunkt bei den Bezirkstagen ständige Kommissionen für Naturschutz (in Berlin-Ost hieß es „Kollegium zur Förderung des Naturschutzes“).

Eine wichtige Rolle spielte der ehrenamtliche Naturschutz. Neben den gesetzlich vorgeschriebenen ehrenamtlichen Naturschutzbeauftragten gab es in zahlreichen Kreisen bereits in den 1950er Jahren freiwillige Naturschutzhelfer, die in manchen Kreisen eine rechtlich nicht vorgesehene Naturschutzwacht bildeten.

Zur Arbeit der ehrenamtlichen Naturschutzbeauftragten wurden mit den Durchführungsbestimmungen (DB) zum Naturschutzgesetz Regelungen getroffen. Die 1. DB vom 15.2.1955 regelte, dass die Beauftragten mit Lichtbildausweisen auszustatten waren, mit denen sie erweiterte hoheitliche Befugnisse erhielten. Zum schon nach RNG vorhandenen Betretungsrecht kam das Recht auf Feststellung der Personalien von „Sündern“ und die Sicherstellung von Diebesgut wie Vogeleier oder -bälge und Diebeswerkzeug wie Fallen oder Leimruten hinzu. Die 2. DB vom Oktober 1955 regelte die materielle Abgeltung der Arbeit der Kreis- und Bezirksbeauftragten für Naturschutz.

Die wissenschaftliche Begleitung und die Beratung und Anleitung der Ehrenamtlichen und Freiwilligen erfolgte durch das Institut für Landschaftsforschung und Naturschutz. Das Institut und die Naturschutzbeauftragten füllten die Lücke, die durch das Fehlen der Naturschutzstellen und die Unterausstattung der staatlichen Naturschutzverwaltung entstand, nach besten Kräften aus.